Nyní se zaměříme na oblast zabezpeční systému, která zajímá jistě nejvíce uživatelů přecházejících k Linuxu. Ano, jde o "softwarové zabezpečení" systému. Uživatelé operačního systému Windows jsou nyní jistě jako na trní. Rychle nainstalovat firewall, antivir, antispyware a podobné "antisoftwarové" utilitky, bez kterých není možné na operačním systému Windows dlouhodobě přežít - s připojením k internetu. V klidu se posaďte, nikam nespěchejte a čtěte dále. Téměř nic z "antisoftwaru" nemusíte v Linuxu instalovat. Linux sám o sobě je velice bezpečný.
Jediným běžně používaným softwarem, srovnatelným se softwarem z Windows, je firewall. "Antisoftware" používající rezidentní ochranu (běží na pozadí) a další nejrůznější čisticí utilitky v Linuxu spíše nenajdete, na běžném PC se nepoužívají. Existuje pár antivirů, které jsou určeny především pro kontrolu dat Windows z Linuxu a dat posílaných do Windows, ale ve srovnání s antiviry určenými pro Windows jsou dosti odlišné.
Linuxu samotnému škodlivý software určený pro Windows neuškodí. Dalo by se říci, že vir pro Windows přestává být v Linuxu virem. Existuje mnoho debat, kolik virů a podobného škodlivého softwaru pro Linux vlastně existuje. Obecně se má za to, že v současnosti široce rozšiřitelný škodlivý software pro Linux prakticky neexistuje. Příčin je mnoho a patří sem nejen relativně malá rozšířenost Linuxu. Podívejte se na následující články Bezpečnost Linuxu proti virům a Linux a viry.
V linuxových distribucích stačí firewall aktivovat (a nastavit). V některých distribucích je nutné kvůli nastavení firewallu přes "klikátko" toto "klikátko" nainstalovat, v jiných najdete nástroj již "zabudovaný" či nainstalovaný. Pak jej stačí jen aktivovat.
Typickou otázkou začátečníků po aktivaci firewallu bývá - proč se v systémové (tray) oblasti firewall nezobrazuje? Nezobrazuje, i když je aktivováním spuštěn. Samotný firewall je "zabudován" v jádře Linuxu (Průvodce Linuxem 1 - Co je Linux?, Průvodce Linuxem 5 - Vybíráme distribuci GNU/Linuxu), pod názvem iptables. Prográmky, o kterých můžete slyšet jako o firewallu, např. GUFW, Firestarter, GuardDog či klikátka zabudovaná v ovládacích cetrech, jsou jen nadstavby (takový dálkový ovladač televize) iptables, který aktivují. Není tedy důvod, proč by měla být tato "klikátka" trvale spuštěna, nemá to žádný význam. Po tomto bezpečnostním zásahu (nastavení, aktivaci) komunikace s bezpečnostním softwarem končí a "klikací" program lze ukončit také. Firewall poběží.